همدرسى با مرحوم آقاسیدمصطفى خمینى و حضور فعال و مستمر در درسهاى امام خمینى موجب شد تا رهبر انقلاب حضرت امام خمینى (ره) نسبت به حضرت آیت الله محمد فاضل لنکرانی عواطف و علاقه مخصوصى داشته باشند.
پیرامون علاقه امام به ایشان داستان هاى زیادى نقل شده که جریان زیر نیز به نقل از فرزند ایشان (حجت الاسلام والمسلمین جواد فاضل لنکرانى) خواندنى است :
آن موقع که پدر به طور همزمان دبیرى جامعه مدرسین و دبیرى شوراى مدیریت حوزه را بر عهده داشتند یکى از آقایان مسوولان در مصاحبه اى مطالب نامناسبى پیرامون حوزه گفته و بعضى از حرفهاى خود را به امام منتسب کرده بود.
روزى به همراه پدر براى ملاقات امام به جماران رفتیم. من پس از بوسیدن دست امام از اتاق خارج شدم.
سپس امام و مرحوم حاج سیداحمدآقا و آقاى فاضل جلسه خصوصى تشکیل دادند.
پس از ملاقات ، ایشان به من گفت : به امام عرض کردم مگر حضرتعالى مرا نمى شناسید؟ فرمودند: چرا. عرض کردم مگر شما در حوزه ، ما را به عنوان مسوول قرار ندادید؟ گفتند: چرا ، عرض کردم مگر من هر ماه یک بار گزارش حوزه را حضورا به شما عرض نمى کنم؟ گفتند: چرا، همه اینها درست است.
(پس از این سوال و جوابها با لحن تندتر سوالى کرده بودند که وقتى براى من نقل کردند اشک در چشمانشان جمع شد که من چرا با امام تند صحبت کردم).
به امام عرض کردم : پس این چه حرفهایى است که فلانى از قول شما نقل کرده است؟ امام پرسیدند: فلانى چه گفته؟ عرض کردم : با روزنامه مصاحبه کرده و گفته امام راجع به حوزه فلان حرف و بهمان نظر را دارد.
این چه حرفى است شما راجع به حوزه زده اید؟ امام فرمودند: آقاى فاضل ، آن روز که این آقا آمد پیش من این احمد حاضر بود; من چنین حرفى نزدم.بیخود این حرف را از قول من نقل کرده.

من اگر راجع به حوزه مطلبى داشته باشم باید به شما بگویم. من به شما همان علاقه اى را دارم که به مصطفى داشتم و رفتارى را که با مصطفى داشتم با تو دارم و تعبیر ایشان این بود که من تو را از کوچکى بزرگ کرده ام و همین طور هم بود.
(وقتى پدر این مطلب را براى من نقل کردند ، دیگر کاملا منقلب شده بودند.)
آیت الله فاضل در مناسبتى دیگر ، از روابط عاطفى خود با امام خمینى بیشتر پرده برمى دارد: ارتباط ما با امام خمینى ، مثل ارتباط اعضاى یک خانواده بود و یک نوع عواطف خاصى نسبت به من داشتند و متقابلا من نسبت به ایشان.
علاقه حضرت امام نسبت به ایشان روزافزون بود آن گونه که امام در سال 56 در پاسخ تسلیت آیت الله فاضل به مناسبت شهادت آیت الله سیدمصطفى خمینى با عبارت:«ان شاؤالله تعالى موفق به خدمت به حوزه هاى اسلامى باشید و افاضل از برکات شما بهره مند شوند».
توجه و اعتقاد علمى امام به آیت الله فاضل در حدى بود که نقل است ایشان دستور دادند:
1- برخى از کتابهاى بسیار مهم علمى شان قبل از چاپ ، مورد ملاحظه آیت الله فاضل قرار گیرد و بعد از دیدن ایشان چاپ گردد. این مطلب در قلمرو مباحث علمى و تخصصى حاکى از اعتماد بسیار قوى امام به آیت الله فاضل بوده است.
2- هنگامى که تقریرات درسى ایشان را ملاحظه کرده بودند ، فرمودند من خودم که گوینده این مطالب هستم به خوبى ایشان نمى توانم بنویسم.
3- یکى از تقریرات مفصل درس امام که توسط آیت الله فاضل تحریر گردیده از مباحث طهارت است که اتفاقا خود امام آن را ننوشته اند و با آن بحث ، موضوع طهارت کامل شده است.
این نوشته را امام از ابتدا تا انتها دید و در تمام این کتاب فقط در یک مورد یک سطر مطلبى را مرقوم فرمودند. این یعنى تمام آنچه که ایشان نوشته دقیق و عمیق است.
اما اعتماد مطلق و کامل امام خمینى زمانى به نمایش درآمد که وصیت کردند بعد از ایشان وجوه شرعیه اى که در اختیارشان مانده بود توسط آقاى فاضل و شوراى مدیریت به مصرف حوزه برسد و بعد از رحلت امام با اقدام مرحوم حجت الاسلام سیداحمد خمینى تا 27 ماه شهریه امام خمینى توسط حضرت آیت الله فاضل لنکرانى پرداخت شد.

منبع:خبرگزاری آریا